Els òrgans del Consell Comarcal són: el Ple, la Presidència i la Comissió Especial de Comptes. També, forma part de l'organització comarcal la gerència, que té funcions executives. De tots aquests òrgans, la llei en determina minuciosament quines són les atribucions i les funcions que tenen.
En la sessió constitutiva del Consell Comarcal s'elegeix el President o la Presidenta per votació de tots els membres que el componen. Qualsevol conseller o consellera comarcal pot ser candidat a la presidència. Serà elegit el qui hagi obtingut la majoria absoluta en la primera votació o la simple en la segona. En el cas d'empat entre dos candidats o més es procedeix a una tercera votació, i, si l'empat es dona novament, serà elegit president o presidenta el candidat de la llista amb més consellers o conselleres. El President o Presidenta pot ser destituït per moció de censura d'acord "amb el que estableix la legislació de règim local".
La Presidència ha de nomenar, entre els consellers i conselleres, una o més vice-presidències que l'han de substituir en cas de vacant, absència o impediment, i en els quals pot delegar les seves atribucions.
La durada del mandat dels membres del Consell Comarcal coincideix amb el de les corporacions municipals. La pèrdua de la condició de regidor o regidora determina també, la pèrdua de la condició de membre del Consell comarcal.
El Ple del consell és constituït per la presidència i els consellers o conselleres, i la Comissió Especial de Comptes és integrada pel nombre de consellers o conselleres que determini el Ple. Ha de comprendre almenys un membre de cada grup polític representat en el Consell Comarcal.
El Consell Comarcal pot complementar l'organització bàsica en els termes que preveu la legislació de règim local, o bé mitjançant acord del ple o amb l'aprovació del Reglament Orgànic Comarcal corresponent.
